針對最近的人頭公司風波，自8月9日起，陳佩琪在7天內已發表了三次聲明，但每次的說法都不一致。她一開始在臉書透露，因為公務員身份無法擔任公司負責人，因此以兒子的名義成立公司。由於她仍在聯合醫院擔任醫生，這一行為立即引來外界質疑她可能違法設立人頭公司。然而，這一說法與柯文哲先前在受訪時提到的「父母疼愛孩子，幫孩子設公司」的說法完全對不上。
在8月21日的考績會上，陳佩琪親自出席，但在面對媒體時選擇不做回應。由於上次考績會因資料不足而延期，外界的質疑聲浪依然不斷。
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今天台北市聯合醫院再度發出聲明，表示針對外界關心陳佩琪醫師是否兼職經營商業活動一事，醫院對員工的家屬沒有權力進行約束或處分。由於醫院的行政調查權有限，因此決定等到偵查結果出來後再做進一步討論。如果沒有司法調查，醫院將會依法處理相關事宜。
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