蔡正亮指出，一般水煮蛋經過適度加熱後，蛋白質會比較容易被人體消化吸收，但若長時間高溫滷煮，蛋白質可能出現過度變性與氧化，形成較難分解的結構，因此消化率可能從原本約95%至100%，下降到85%至90%左右。這也是為什麼有些茶葉蛋吃起來會有明顯橡膠感或偏硬的口感。雖然不代表不能吃，但營養利用率確實可能打折。
除了蛋白質變化，另一個更容易被忽略的問題則是鈉含量。營養師表示，許多人挑茶葉蛋時喜歡選裂痕多、比較入味的，但這通常代表滷汁滲透更多，而滷汁中的鹽與醬油都含有大量鈉。尤其裂痕越多、浸泡越久，鈉含量通常越高。若一天吃到2、3顆，再搭配其他外食，很容易造成鈉攝取超標，對高血壓患者、慢性腎臟病患者來說，更需要特別控制。
至於民眾擔心的膽固醇問題，蔡正亮則表示，近年國際營養觀念已逐漸改變。以美國心臟協會近年建議來看，飲食中的膽固醇已不是影響血膽固醇最主要的因素，真正該注意的反而是高油、高糖與高鈉飲食。一般健康成人每天吃1到2顆茶葉蛋仍算合理範圍，偶爾吃到3顆問題不大，但不建議長期如此。挑選時也可注意避免顏色過深、蛋白過硬、裂痕太多的茶葉蛋，相對來說顏色適中、略有裂縫的茶葉蛋，通常是比較理想的選擇。
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