資策會自訴控告高虹安博士論文抄襲案，緣於旅美教授陳時奮於2021年10月18日爆料高虹安於美國辛辛那提大學的博士論文，涉嫌抄襲資策會期刊文章，資策會於2022年比對高虹安的辛辛那提大學博士論文與資策會研究計畫成果內容，發現相似度高達8成，清查後發現，高虹安涉嫌抄襲資策會研究成果不只一篇，而是2篇。
資策會於是在2022年10月發聲明指出，已委由委任律師發函，請高虹安就資策會擁有著作權的論文，未經引註並逾越合理使用範圍一事，提供相關說明和解決方案，高虹安雖然有回應，但僅重申她的論文均屬合理使用；資策會因此自訴控告高虹安違反著作權法。
台北地院2023年9月以不公開方式開調查庭，高虹安庭後回應，法官已安排調解，希望全案圓滿落幕。直到2024年3月仍宣告協商破局。台北地院同年7月26日上午對高虹安被控立委任詐領助理費一案宣判，依貪污罪重判她7年4月，褫奪公權4年。不過，同一天下午，北院宣判，資訊會在翁達瑞於2021年10月18日在臉書發表高虹安博士論文涉嫌抄襲期刊文章言論時，就知悉高侵害其著作權，資策會卻遲至2022年10月25日提告，已超過6個月告訴期間，依法不得自訴，因此不必經言詞辯論直接諭知不受理判決。
高虹安被控詐領助理費部分，二審改判無罪，僅依偽造文書判她6月，得易科罰金，高檢署今年1月5日則提上訴，目前正由最高法院審理中，而資策會自訴控告高虹安論文抄襲部分，今年3月5日辯論，當天資策會前執行長卓政宏出庭作證指出，2022年9月週刊爆料後才知此事，此前並不知道翁達瑞2021年10月爆料內容，也不曾和技術處處長邱求慧、資策會國會聯絡人周晉生提到此爭議，也不知道資策會科法所2021年曾針對博士論文爭議進行研究。
但是，高虹安質疑卓政宏的證詞前後不一，她的律師提出一份卓、邱、周3人間對話紀錄，證明早在陳時奮貼文前，卓就已知論文爭議並向邱報告，懷疑當時比對的目的除了向邱求慧報告外，就是為了提告。卓政宏之後改口說，應該是副執行長蕭博仁在2022年9月前跟他說的，具體時間已不記得了。
一審判決指出，經濟部技術處處長邱求慧處長與資策會國會聯絡人周晉生曾證實，資策會科法所早於2021年就針對該博士論文進行研究回覆，結論是「確認沒有授權問題」，資策會於2022年9月20日也發表公開聲明，表示論文為學術發表無實際應用就沒有授權問題。高虹安強調，科法所絕不可能在未經主管同意下逕行比對，更不可能跨過主管向技術處回報。
高虹安提出的證據顯示2021年10月之所以派員比對，正是因為資策會需向技術處報告。周晉生是受「長官指示」進行處置，並非卓政宏所言的「自行決斷」，卓政宏早在2021年10月就知道翁達瑞所指的爭議，並與經濟部溝通，卻在二審出庭時說「沒看過、沒討論過」，證詞顯不可信。
高虹安主張是期刊論文第一作者，辛辛那提大學也2度回函認定「自我引用」而非抄襲，否認犯罪，她指出，博士論文研究方向事前都有向資策會簡報，也與後來的論文內容一致，且博士論文與期刊論文的研究目的、資料來源、研究方法明顯不同。資策會律師則主張，本案除重製、改作外，另違反公開傳輸權，請合議庭對高虹安判處有期徒刑以上之刑，不得緩刑。智慧商業合議庭定今天4月16日宣判。
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