第一階段包括清查國安局民國81年以前所有檔案，總計2萬3,757卷，共56萬6,415件，並將清查結果及目錄造冊送國發會檔案局審定在案，經檔案局於去年6月審定為政治檔案者，共計1,369卷，5萬1,133件。第二階段，針對國發會檔案局審定的5萬1,133件政治檔案，國安局以人工方式，採逐卷、逐件、逐頁檢審，並進行檔案解密及掃描作業。
國安局表示，已將81年以前政治檔案全數解密，並依規定公開檔案所有內容，不予遮蔽。實體檔案經封裝成94箱，連同電子影像檔分批送交國發會檔案局，並於今日全數移交完畢。此次解密移交檔案內容，涵蓋戒嚴時期保防安全工作制度、情報機關偵保防業務資料、反動文化出版品與黑函調查、國人入出境管制、海外台獨團體活動、叛亂案件人員資料與判決書等檔資。
國安局指出，自主清查檔案過程中，也針對部分歷史檔案是否曾遭銷毀一事，進行逐卷、逐件檢視。然早年檔案係由承辦人員「併卷」歸檔，「卷」內並無逐「件」檔案登載文號，致無從判斷當年檔案資料是否曾遺失或遭銷毀。
國安局表示，政治檔案開放對真相調查、還原歷史及促進社會和解，具有高度重要性。總統賴清德去年出席「二二八事件78周年中樞紀念儀式」致詞時，指示政府應加速政治檔案開放，追查歷史真相。國安局長蔡明彥依照「面對歷史、還原真相」及「1件不留、1字不遮」原則，進行本次戒嚴時期政治檔案的清查解密及移交作業，期盼將臺灣民主發展脈絡，以及國家歷史記憶永續傳遞，並展現國安局「服膺憲法」、「依法行政」的工作信念。
另外，民國89年至113年10月期間，國安局即已配合國發會檔案局辦理8批次檔卷清查移交，加上本次自主清查作業，總計已解密並移交國發會檔案局1,871案、4,685卷、14萬758件檔案。
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