新竹地檢署表示，就原審判決無罪部分，針對新竹縣長楊文科無罪部分提起上訴；另就劉樹居、邱崇喆等人被訴登載不實擋土設計圖面、行使業務登載不實及違反建築法第93條未經許可擅自復工、經制止不從等無罪部分，被告劉進乾就未經許可擅自復工、經制止不從之無罪部分，以及被告陳至忠就違反建築技術成規之無罪部分，均一併提起上訴。
另外，就原審判決理由中不另為無罪諭知，及與該部分具有不可分關係之有罪部分，針對新竹縣工務處前處長江良淵、黃姓公務人員所涉第2次、第3次違法復工之圖利及公務員登載不實文書部分，以及相關圖利罪有罪部分提起上訴；另就被告劉樹居、邱崇喆等人所涉違背建築術成規罪相關有罪部分，亦提起上訴。
新竹地檢署亦就江良淵所犯公務員財產來源不明罪；劉樹居、邱崇喆等7人所犯行使業務登載不實文書罪、偽證罪或教唆偽證罪等罪；及陳姓被告所犯行使業務登載不實文書罪之刑度，均提起上訴。
新竹地檢署強調，尊重第一審法院之審判結果，並依刑事訴訟程序就上述部分依法提起上訴，後續將由臺灣高等法院依法審理。
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