判決指出，檢廉在2024年8月30早上到柯文哲家中及辦公室搜索時，在其辦辦公室的發現一張撕碎的便條紙，上面有柯文哲坦承親自所寫的筆記，內容為「晶華→orange出國」等文字，而同年8月27日剛返國的許芷瑜，又在搜索前急於同年月29日訂購機票搭機趕赴日本，顯然就是柯文哲指示共犯或證人離境之舉，且柯文哲自案發以來，自始至終均否認全部犯行，可見他犯後完全未能正視己身錯誤，因此嚴重耗費司法資源。
對於量刑，合議庭指出，柯文哲身為2屆台北市長，理應維護市民權益、依法行政，卻冀求財團雄厚實力支持，收受210萬元賄賂，違背職務及違背法令使京華城公司在沒有法令依據下，仍能取得20%容獎，不法利益超過百億元。
此外，合議庭認為，柯文哲擔任市長多年，又參選總統，應清楚政治獻金公開、透明的重要性，卻無視政治獻金本質，以商業交易行為外衣掏空政治獻金，僭越權限，將政治獻金置入私人帳戶，挪用金額高達600萬及6千餘萬元，還違背眾望基金會委託的社會公益、扶助弱勢等公益性任務，挪用該金會公款8百餘萬元支付競選總部員工薪資，所為甚有未當。
因此，合議庭審酌，柯文哲除沒有前科，其犯罪動機、目的、手段，自述智識程度，過往工作經歷，目前經濟狀況、家庭狀況等一切情狀，就其所犯違背職務收受賄賂犯刑與圖利罪重疊而論一罪，量刑因子除考量收賄數額、違背職務行為外，也衡酌圖利行為及圖利金額高達百億以上，法定刑為「無期徒刑或10年以上有期徒刑，得併科新臺幣1億元以下罰金」之範疇內，量處有期徒刑13年。
至於公益侵占民眾黨政治獻金600萬元及與被告李文宗、李文娟共同以木可公司侵占6千餘萬元2罪，以公益侵占罪法定刑「1年以上7年以下有期徒刑，得併科15萬元以下罰金。」範疇內，各量處有期徒刑2年及3年6月。柯文哲另與李文宗挪用眾望基金會公款百餘萬元部分，在背信罪法定刑「5年以下有期徒刑、拘役或科或併科50萬元以下罰金」範疇內，量處有期徒刑2年6月。
合議庭認為，柯文哲被認定的4罪，其中2罪是公益侵占，侵害法益接近，刑罰制度中有期徒刑設計目的，本寓有以拘束人身自由方式償還其應負罪責後，讓被告仍能復歸社會，因此，就柯文哲整體犯罪情狀情綜合判斷後，基於公平、比例、罪刑相當等原則，定應執行有期徒刑17年，並就違背職務行為收受賄賂犯行部分宣告褫奪公權。
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