農業部回應，加工用與鮮食用馬鈴薯用途不同，流向也不同，因此採取分開管理。加工用馬鈴薯不會直接進入市場販售，而是進入工廠處理，因此訂有不同檢疫條件，並非放寬規範，而是依用途調整管理方式。
台灣科技媒體中心邀請專家解析，新制核心在於「多重把關」。陳泰源指出，從美國出口前開始，每批馬鈴薯都要有官方檢疫證明，確認沒有病蟲害，並經過清洗避免夾帶土壤；若發現發芽或不合格，就不能出口。同時文件上也會註明「僅供加工使用」與已使用發芽抑制措施，避免流入一般市場。
他進一步說明，馬鈴薯進入台灣後還會再經過邊境檢查，包括外觀與安全項目如龍葵鹼含量，進入工廠後也需再次篩選，凡是發芽或異常的馬鈴薯都必須整顆丟棄。
陳泰源強調，這套制度從源頭、運輸到加工都有層層把關，比過去只看外觀標準更完整，屬於國際常見的風險管理模式，重點是提前在食品鏈各環節降低風險，而不是降低安全標準。
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