日前有網友在社群平台貼出台大兒童醫院徵才文，內容指出該病房24小時收案、負責全國重症兒童轉送，值班主治醫師須跨科處理急診與收治病人，文中提及時薪900元，引起醫界熱議。院方回應，徵才文僅列出值班部分，實際底薪與津貼另計，總薪資並非單以時薪計算。
北市醫師職業工會理事長陳亮甫則表示，基層與醫美市場積極挖角，醫院若薪資未達行情，將難以吸引年輕醫師回流。雖台大兒童醫院月薪約可達20多萬元，但在市場競爭下吸引力不足，「就算有台大光環，還是讓不少醫師卻步。」
余忠仁強調，值班費會依夜班、假日等時段加成，不應以單一時薪比較。他指出，以北部醫學中心來看，台大醫院的值班費約為前1/3水準，假日值班費更優於其他醫學中心。至於這次兒科一次招募14名主治醫師，余忠仁解釋並非人力流失，而是「兒科深耕計畫」需要的新制度，屬專案性質，過去內外科加護病房已實施2至3年，效果良好。
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