江漢聲於2012年接任輔仁大學校長，身兼輔大診所管理委員會主任委員，當時被控為開辦輔大診所，涉與時任醫學院行政副院長洪啓峯、輔大醫籌處醫療事務組長林依恬，三度巧立名目向輔大違法借貸或發包不必要標案，讓校方損失650萬元。
江漢聲於2024年1月31日卸任校長，當天一審宣判，新北地院依背信、共同背信罪，判江10月、洪4月、林4月徒刑，得易科罰金，3人與檢察官皆上訴
江漢聲對此判決大喊不公平且深感冤屈，發聲明表示「不能接受」，並強調「名譽是我的生命，為爭一生清白，絕對會上訴到底。」，台灣高等法院今年8月間改判3人無罪確定。
而法律訴訟期間，校方仍讓江漢聲2019年3月21日輔大董事會通過續任校長，激起校內不滿聲浪，大批學生質疑江漢聲在籌設輔大醫院中飽私囊、損害校產等違法行為，卻還沒有釐清真相就要續任，憤而發起無限期罷課，要求校方校方清楚說明決議的討論過程、公布輔大醫院的相關調查報告，同時也希望能在遴選程序中，增加學生代表等訴求。
當時針對學生指控，輔大校方曾發聲明指出，經查證確認後，校長並沒有被偵查，而進入司法程序的案件，而學校也聘請公正第三方會計師、律師事務所，確認校長沒有中飽私囊、損害校產等狀況。
至於校長遴選，校方表示，確實有在董事會的會議紀錄上呈現、並上網公告，一切依法、可受公評。至於罷課行動，也會持續和學生溝通。
而事隔了6年，刺傷江漢聲的曾姓嫌犯，正是活耀於當時抗議活動中的學生，對於學校作法不滿，也質疑江漢聲不適任，但最後抗議結果無疾而終，如今看診遇到當初「仇人」分外眼紅，竟趁看診時持刀攻擊，再度發出不平之鳴。
林口分局指出，病人曾姓男子看診中突然持美工刀劃傷醫生江漢聲，造成醫生右手腕刺傷及左腹部輕微擦傷，旋即遭醫院保全制止。員警獲報當場逮捕曾嫌，並查扣作案美工刀一把，偵訊後將依醫療法及傷害罪移送地檢署偵辦，並建請預防性羈押。
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