依現行規定，若交易股權價值有50%以上來自境內房地，且股東直接或間接持股逾50%，除上市櫃及興櫃公司外，皆須視為房地交易課稅。然而，過去制度未區分股權或不動產取得時間，導致即使早年取得股權，仍一律適用新制課稅，較直接買賣不動產更為嚴格，形成制度落差。
此次修正最大重點，在於導入「二階段判斷」。首先，若股權於2021年6月30日後取得，全面適用房地合一新制；若為此前取得的舊股權，則可依標的公司持有不動產中，新舊制資產比例，計算應課稅範圍。換言之，若企業持有多數為2015年底前取得的不動產，相關股權交易有機會部分或全部排除課稅。
此外，過去在判斷股權價值中「房地占比是否過半」時，常出現分子採市價、分母卻以帳面淨值計算的落差，造成課稅基礎失真。本次修正允許在具備合理證明下，分母可改採資產時價總額，並明訂適用順序，包括稽徵機關查得資料、會計師查核簽證、最近一期財報淨值等，使計算基礎趨於一致，更貼近市場實況。
KPMG安侯建業會計師洪銘鴻指出，此次修正對納稅義務人屬利多，且適用於尚未核課或未確定案件，等同替過去因認定過嚴而受影響的交易提供解套空間。以併購案為例，過去買方即使著眼於營運價值，仍可能因不動產市價偏高而被課稅，影響交易意願；修正後，若能透過會計師簽證或鑑價報告證明交易價值並非以不動產為主，即有機會排除適用。
在家族企業股權傳承方面，早年取得的土地隨市價上漲，過去常導致股權移轉面臨高額稅負。新制上路後，若可證明股權及主要不動產均屬舊制時期取得，也有機會降低或免除房地合一稅，提升傳承彈性。
本次修正讓特定股權交易課稅回歸實質判斷，改善過往一刀切的問題。不過專家也提醒，涉及複雜股權架構或跨境交易，仍建議事前諮詢專業會計師或向稽徵機關申請釋疑，以降低稅務不確定性。
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