海巡署南部分署說明此案，南部分署第一一岸巡隊曾文溪安檢所守望人員執行勤務時，發現一艘小艇出現在台南鹿耳門海岸，位置距離海巡署雷達站不遠，接獲通報後派員前往，船上未見人員，發動機也沒有明顯使用痕跡，小艇為小型舷外機動力船，無船籍資料或明顯識別標誌。
除了海巡署外，南市警三分局也到場協助，並調閱陸地上監視器畫面，並未發現可疑人士蹤影，研判應該是漂流船，南部分署後續將小艇吊回隊部，以帆布包裹後收置，並非一般漂流船處理程序，回顧2024年大陸快艇闖入淡水港事件，此舉被質疑是否雷達監控有遺漏導致，現第六巡防區指揮部持續調閱監控資料追查中，後續將強化岸海監控與巡查，維護海域安全。
事發地點周邊海灘，平時除了岸巡人員巡視外，台江國家公園外包的淨灘人員都會固定清潔，淨灘人員表示會來的多是釣客，但小艇被發現的時間前後，白天時並未發現可疑份子出沒，對此事也不知情。
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