教育部指出，過去已有學生因曠課遭記警告提出訴願。訴願機關認為，曠課屬於出缺席管理及學習評量範疇，若再直接作為警告等獎懲事由，可能有適法疑義，並撤銷原處分。因此，制度進一步明確區分「出缺席管理」與「學生獎懲」，避免同一行為重複處理。
同時，教育部表示，相關規定並非近期才修法。112年立法院審議《國民教育法》時，關注各校學生獎懲規定不一，及部分校規有不合理懲處情形，要求教育部檢討學生獎懲制度。教育部依母法授權，於113年訂定《國民小學及國民中學學生獎懲準則》。
針對外界質疑，教育部澄清，學生遲到、曠課是要為自己負責，且仍有出缺席管理、學習評量及輔導機制；依各教育階段相關規定，缺曠課可能影響學習評量、畢業資格。
教育部也強調，準則限制的是將出缺席直接作為警告、記過等獎懲事由，並不是取消教師的管教權。教師仍可依法採取輔導與管教措施，例如書面反省、適當的靜坐或站立反省、列入日常生活表現紀錄等，並通知家長督導、協助學生改善。
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