縱管處指出，基於事故後整體環境條件改變，現有業者僅具商業登記已不足以從事小船及浮具載客營業。為強化遊客安全，依《水域遊憩活動管理辦法》第7條規定，自2026年3月5日起暫停鯉魚潭載客小船及水上腳踏車（天鵝船）營業行為，業者須取得主管機關許可並通過檢查，才具備重新營業的條件。
縱管處說明，鯉魚潭位於花東縱谷國家風景區範圍內，但相關業者的商業登記及小船營業登記主管機關均為花蓮縣政府。交通部早在2010年1月8日即決議，小船經營業務應由各地方政府透過自治法規進行管理。目前包括台北市、南投縣、台南市及高雄市等地，都已依《地方制度法》第19條訂定載客小船管理自治法規，以完善船舶經營管理機制。
縱管處表示，3月5日召開研商會議時已向業者說明中央與地方權責，並請花蓮縣政府協助業者重新取得合法經營依據，盡速訂定相關自治法規，讓業者能在合法與安全的制度下恢復營運。
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