大同醫院工會指出，去年初長庚接手大同時，因高雄市政府與長庚集團始終無法提出白紙黑字的書面承諾，保障留任人員的工作權與勞動權益，導致大同醫院在短時間內流失超過八成以上原有員工（保守估計約800至900人），實際留任者僅不到200人。
長庚陸續從體系內其他醫院調派人員支援，大同醫院醫護人力仍長期嚴重不足。去年年中市議員湯詠瑜即曾公開質疑，長庚接手後，大同醫院夜間醫護人力大幅下降，醫師人力幾乎減半，夜間門診及週六門診量能皆未達原有水準，民眾抱怨不斷，直言「長庚接手後完全不行」。
高雄市衛生局表示，長庚醫院依合約保障員工權益，已為員工每月加薪5千元，該津貼納入年終獎金及退休金計算，全年實質增薪超過7萬元。該院為提升醫療品質，首年添購醫療設備致未達盈餘，無法分紅，經衛生局協調，院方已公告1月下旬加發特別獎金，照顧留任員工。
衛生局指出，大同醫院移轉後醫療品質顯著提升，該院去年4月通過衛福部健保署專家訪視，維持區域醫院保險給付等級；同年9月也完成衛福部區域醫院與教學醫院評鑑，以及緊急醫療能力評定中度級（不含高危險妊娠與新生兒）與重度級急性冠心症評定，有效穩定醫療品質與提升緊急醫療能力。重症醫療部分，已增設24小時兒科專科醫師急診及葉克膜、急性冠心症治療、急性腦中風處置醫療團隊，一年搶救逾百位緊急心臟疾病市民及近400名檢傷一、二級病況嚴重兒童生命，提升區域性急重症醫療服務能力。
此外，首年門診服務達25萬8,934人次，急診服務4萬4,350人次，住院服務5萬9,512人日。針對弱勢就醫，大同醫院提供70歲以上長者就醫免收門、急診掛號費，以及低收入戶與身心障礙者門、急診就醫全免掛號費，以及部分負擔補助。總計去年全年補助70歲以上長者共9萬4,162人次，補助低收入戶與身心障礙者共8萬8,162人次，全面照顧在地的長輩及廣大弱勢族群。
衛生局表示，依合約留任員工的工資、年終獎金及紅利盈餘獎金皆依照原高醫制度，惟市府為關懷留任員工權益，自去（114）年12月31日起與105位留任員工關懷訪談，逐一瞭解其對於薪資結構、福利待遇及相關勞動條件意見，以為後續督導院方改善重要依據，針對盈餘紅利獎金未能發放，衛生局訪談並逐一錄案調查，面對留任員工受限合約依原有盈餘分紅制度，但今年醫院未有盈餘而未能領取分紅獎金，衛生局積極協調院方，7日公告將加發特別獎金，照顧留任同仁。
長庚醫院回應，自承接大同醫院後即導入各項長庚管理制度與系統，並透過單位輔導與教育訓練，相關管理措施皆為讓留任、調任及新進同仁從臨床照護、醫院安全管理至行政作業等，能有長庚體系一致性的照護品質與提升，提供市民優質照護服務；營運迄今服務量持續穩定成長，且相關作業均合法合規，並在衛生局監督下依合作計畫契約確實執行。
對於外部工會及大同工會指控「不到一年離職人數已破百人」、「人力幾乎減半」、「醫療崩壞」及「醫療品質下降」等，經查相關上述指述內容毫無事實依據，除嚴重損害醫院名譽，並抹殺全院同仁一年多來之努力及付出，針對抹黑造謠者將保留法律追訴權。
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