監察委員葉大華、王麗珍在調查報告中指出，我國雖已透過修正《公務人員保障法》及「公務人員執行職務安全及衛生防護辦法」，逐步建立公務機關處理職場霸凌的程序與防治機制，但本案也凸顯制度上的不足。由於楊珍妮屬政務人員、為特別任命職務，在行政調查尚未定案前，現行制度難以安排對等職務進行過渡性調整，導致其仍持續擔任總談判代表，恐影響證人作證意願，並造成心理壓力。
此外，報告也指出，政務人員在收到霸凌成立的決定後，缺乏明確的體制內救濟與答辯管道，顯示現行職場霸凌防護機制在適用政務人員時，仍存在實務困境。行政院於115年6月26日公布調查結果後，楊珍妮當晚即對外發表聲明，質疑認定不公並進行說明，但內容涉及顏慧欣病假等個人情況，引發家屬不滿。
監委認為，此情形顯示政務人員因缺乏制度內救濟途徑，轉而透過媒體對外回應，不僅無助釐清事實，反而可能揭露案件敏感細節，對被害人家屬造成二次傷害，並非健全制度下應有的處理方式。
監委強調，政務人員來源多元，肩負國家政策推動與機關管理責任，更需要明確的行為規範與制度設計，確保在追求行政效率的同時，也能守住權力行使的界線。建議行政院應會同考試院審慎檢討相關制度，強化公務機關職場霸凌的防治機制，落實制度完整性。
具體違失事證包括：
一、在顏慧欣初到任經貿辦時，即以不友善態度對待，且多次在公開場合否定其提出的意見與想法，甚至對其建言予以嚴厲斥責，明顯欠缺應有尊重。
二、指派共用秘書協助顏慧欣長達近1年，後又要求該名秘書兼辦其他業務，導致顏慧欣實際上無專任秘書可支援庶務，進一步加重其原已繁重的工作負擔。
三、在台美就對等關稅等經貿議題赴華府與美方進行實體磋商期間，刻意排除隨團前往的顏慧欣及相關團隊成員進入談判現場、參與實質討論，顯示有意排擠重要輔助人員，亦不願與團隊分享談判核心資訊。
四、經貿辦接待「印太／新南向記者團」時，先以未被告知相關行程為由當場發怒，在同仁出示簽呈後，又改口斥責事前擬答資料未讓其過目，顯見其慣於採取高壓威嚇的管理方式。同仁長期承受其情緒化言行壓力。其後又臨時要求原定共同出席的同仁退出接待，且未事先與主要接見人員顏慧欣溝通，導致顏須獨自面對記者提問壓力，顯未給予應有支持與尊重。
此外，調查指出，被彈劾人長期以高壓威嚇方式管理，不允許同仁質疑或挑戰其決策，遇有不同意見時，常以公開否定、當場斥責等方式壓制異見，致使單位內形成緊張、退避氛圍，甚至出現噤聲效應。
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