卓榮泰日前前往東京巨蛋觀看WBC台灣隊比賽，由於行程搭乘包機並從空軍松山指揮部（松指部）出發，在野黨質疑是否動用公家資源、公器私用，要求行政院說明經費來源並提出付款收據。卓榮泰則回應，此行為休假期間的私人行程，相關費用均為自費，政府沒有支出任何公帑。不過相關說法仍遭部分在野黨民代質疑，爭議持續在立法院內外延燒。
對此，前駐日代表謝長廷在臉書發文表示，卓榮泰赴日為WBC台灣隊加油，雖然已經明確回答是自費，但立法院內外仍有在野黨民代要求提出付款收據，「糾纏不休」。謝長廷指出，他常收看日本國會質詢，日本也曾出現類似爭議，例如首相招待社會賢達參加賞櫻活動，或贈送當選人紀念品時，被質疑經費來源是公費、私費還是政黨補助款。
謝長廷表示，在日本國會中，當首相回答是自費、未使用公費或政黨資金後，質詢者通常會依照答覆追問是否妥當或違法，而不會持續糾纏。若日後調查發現官員說謊，則會掀起政治風暴並追究責任。
謝長廷也提到，在台灣其實不難查證是否使用公費，因為各行各業都有可能支持在野黨的人，若卓榮泰真的用公費卻宣稱私費，很可能很快就會被檢舉或提供情資。他直言，國民黨可能已透過各種資訊管道得知卓榮泰確實是私人自費包機，因此質疑者才不敢進一步承諾，如果指控錯誤願意承擔什麼政治責任。
至於外界質疑卓榮泰由松指部進出是「特權」，謝長廷則表示，總統與行政院長本來就有隨扈與安全維護措施，即使私人行程也需要安全人員保護。若軍方評估由松指部進出可減少曝光時間、提升安全性，屬於合理安排，不清楚究竟違反哪條法律或命令。
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