根據衛福部規劃，新制將把補充保費從目前的「即時扣繳」改為「年度結算」，並訂出2萬元所得為課徵門檻。這樣的設計，意在讓補充保費更全面地納入非薪資所得，例如定存利息、配發股利與房屋租金等，確保高資產者也能合理負擔健保支出。
衛福部指出，健保改革的目標是讓制度更穩健、更公平，但目前補充保費新制仍在研議階段，尚未定案。衛福部表示，健保已實施30年，過去主要以薪資作為保費來源，但隨著高齡化、少子化加劇，勞動人口從2015年的1700多萬人逐年下降，如果只靠薪資繳費，年輕世代負擔會越來越重，因此才提出多元繳費的想法。
連賢民在臉書發文表示，看到衛福部部長石崇良準備改革補充性保費的新聞，目前規畫要將補充性保費由即時的就源扣繳，修法改成「年度結算」但下限維持兩萬，並優先從利息、股利、租金開始實施。此外，針對獎金部分，則將起徵門檻從投保時薪資的4 倍以上，改成「最低基本工資x4倍」為標準，來增加高薪人士負擔健保的公平性。這新聞一出，果然怨聲連連，股民抱怨政府。
「這些抱怨是很可以預期的，也反映出健保財務改革的困難。」連賢明分析，關於這次改革有兩點評論，第一，很多股民說，他們股票差價沒有賺錢，為什麼要針對股利課稅? 自從二代健保後，健保收費改成類似個人總所得收費制度: 一般保費針對薪資所得，非薪資所得則歸給補充性保費，所以股利課稅是針因為股票所發放股利課稅，就像股利所得要計入綜所稅一併計算一樣，和股票有沒有賺錢是兩回事。國外股票差價賺錢要另外計入資本利得課稅，台灣經歷過幾次證劵所得稅課徵失敗，要真的課徵證所稅可能要再等15-20年。
連賢明接著說，第二，當初補充性保費設計時，政大健保研究團隊也有參與。考量到行政成本，當初就建議採就源扣繳，並將單筆下限從兩千五，五千，一萬，兩萬為基礎來試算。最後在行政成本和健保收入綜合考量下，選擇以兩萬做為下限的基礎。部長在這次改革可採用類似方式，適當的提高年度結算的下限金額，並適度再提高單次扣繳的上限，抓大放小來降低改革的政治衝擊。
最後，連賢明坦言，台灣已經很久不面對健保財務改革，每個政治人物都說健保很重要不能倒，然後健保漲保費都雙手一攤說不要找我，最大共識就只有政府多出錢，這樣健保財務永遠沒有解。
