另外，三顧法務長則涉犯非公務員洩漏國防以外機密、《個資法》非公務機關非法利用個人資料等罪嫌起訴，林廷祐則涉犯洩密罪緩起訴處分，緩起訴期間1年，等緩起訴確定之日起6個月內向公庫支付12萬元。
北檢起訴指出，劉錦勲曾於2014年間認識三顧公司實際負責人陳宗基，雙方往來密切，劉男任職北市調查處中正調查站期間，多次接受陳男及公司安排的歡唱、飲宴、高爾夫球練習課程等招待，且雙方也因此建立濃厚的私交。
2022年10月間，陳宗基懷疑公司前負責人楊智惠涉嫌竊取公司的營業秘密，並將公司技術內容洩漏給自己的學生撰寫博士論文。因公司缺乏專業數位鑑識的技術，且無法取得楊女尚未公開的論文，陳男於是找劉錦勲，請劉男代為蒐集營業秘密的相關證事證。
檢方查出，劉錦勲明知三顧查楊智惠的案件尚未立案，卻因私交於2022年10月11日，指示林廷祐幫三顧公司進檢視之前配給楊女、陳姓前員工的筆電後，讓公司直接取得可供提告的專業證據，並指示林男製作數位證據檢視報告後，提供給三顧法務長文懿。林男於是在同年12月17日將報告初稿以LINE傳送予文女，同年月21日到三顧將報告紙當面交給文女，使三顧省下至少12萬元的數位鑑識費用。
三顧提告的案件立案後，劉錦勲就以台北市調查處名義調取楊智惠未公開的博士論文，再交由三顧人員影印、掃描，供三顧追加告訴時作為證據使用。此外，劉男還指示林廷祐就另外2台筆電及1顆隨身硬碟進行數位鑑識後製作報告，持續幫三顧蒐證，這次又讓公司省下至少18萬元費用。
北檢還發現，北檢於2023年6月搜索楊女等人住處、辦公室後，劉錦勲仍未與公司切割，遭調離中正調查站後後，仍參加三顧相關聚會，查出劉男收受演唱會門票、2萬元紅包，還3度免費施打三顧研發的超泌體產品，但檢方查無他接受餽贈行為與其職務間有直接對價關係，因此未依違背職務收賄罪起訴。
劉錦勲收餽贈雖未構成收賄犯行，但檢方認定，劉男長期接受三顧招待，且與陳宗基私交甚篤，卻未遵守公務員公正執法義務，私下動用國家資源，替私人公司處理應由公司負擔的數位鑑識及證據蒐集工作，致三顧擁有一般人無法享有的特權，還透過調查機關取得的論文資料作為訴訟使用，已構成公務員違法圖利罪嫌。
檢察官游欣樺痛批，劉錦勲「以國家公器越俎代庖」，把公平執行公務的調查權限替私人公司蒐證，形同讓國家公權力「淪為替友人出頭工具」，因此依《貪污治罪條例》公務員違法圖利罪及《刑法》洩密罪起訴，並建請法院判處8年徒刑、褫奪公權。
至於林廷祐，檢方雖認他涉犯洩密罪嫌，但沒有證據證明他與劉錦勲有圖利犯意聯絡，因此給予緩起訴1年，並命其於處分確定後6個月內向公庫支付12萬元。三顧法務長文懿也涉洩密將司法文件包括法院裁定、北檢函文、起訴書、不起訴處分書，以及智慧法院不公開準備程序筆錄等，傳送給當時已經調劉錦勲，涉犯非公務員洩密及違反個人資料保護法等罪嫌，一併起訴，並建請法院從重量刑。
檢方之所以認定劉錦勲犯行是依據劉男的自白供述，他指出，2023年6月9日執行楊智惠案件後，三顧公司的人因為關心本案，看到執行程序有瑕疵的新聞，感覺非常慌張，希望案件能辦成，隔天雖是假日，所以邀請他吃飯聊天，他赴約為了讓三顧的人安心，讓他們了解狀況，當天確實沒有付錢。
另外，林廷祐也供稱，因劉錦勲指示，2022年12月21日將沒有去識別化、含正式簽名的報告紙本提供給文懿，另1份則交給劉男，並依劉男指示，告知文懿不要將該報告作為三顧刑事訴訟文件。
另外，檢察官根據陳宗基手機的數位鑑識結果，顯示文懿與陳宗基於2022年12月28日的LINE對話，及劉錦勲與陳男對話，證明劉男於2022年12月28日14時4分前，向陳宗基詢問告訴代理人書狀進度，表示為了讓楊智惠難過年，要在農曆年前執行索取證，之後再慢慢查，認定劉男的犯行。
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