新竹市環保局表示，該案由新竹市政府主動通報後，便由檢察官指揮偵辦，環保局全程依法配合，並恪守「偵查不公開」原則。在檢方尚未依法對外公布起訴資訊前，本就不得擅自揭露相關內容。
市府表示，市府於對外發布新聞稿前，亦特別向地檢署確認發布內容與偵查程序之一致性，確保資訊揭露符合法律規範；此外，中央主管機關環境部所發布之相關新聞內容，同樣未揭露涉案公司及負責人姓名，顯示各機關均依循一致標準審慎處理。對於有心人士與特定媒體刻意將依法行政曲解為「蓋牌」，以聳動標題誤導社會輿論，不僅失之偏頗，更對第一線依法辦案人員造成不必要的傷害，市府對此予以嚴厲譴責，並呼籲勿刻意操作、帶動錯誤風向。
環保局指出，全案於114年度水圳底泥例行監測中，由環保局主動發現九甲埔幹線10支線汞含量異常，隨即通報中央並啟動「檢警環聯合查緝機制」。全案由新竹地檢署國土專組檢察官指揮，結合內政部警政署保七總隊、環境部環管署及環保局專案小組，進行縝密蒐證與追查，務求釐清污染來源與責任歸屬。
環保局強調，偵辦期間各機關均依法律程序辦理，嚴守偵查紀律，以確保證據完整並追查不法行為人。全案目前已由新竹地檢署偵查終結，並依法對涉案公司及相關人員提起公訴。此一結果充分顯示，本案係在司法體系嚴謹運作下完成，絕無所謂隱匿不報情事。
環保局表示，市府第一時間對外說明行政查處進度，正是展現主動負責與資訊公開的態度。對於有心人士與特定媒體未經查證即以「蓋牌」等字眼進行指控，不僅誤導社會觀感，也可能干擾司法偵辦的嚴肅性，對此予以嚴正澄清。
環保局重申，捍衛環境正義與市民健康絕不打折。本案已依法公告污染農地列管並啟動後續整治作業，相關經費由中央補助，並將向行為人依法追究責任及求償。未來亦將持續強化查緝與管理機制，對任何污染環境之不法行為，絕對追究到底、絕不寬貸。
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