台南科學園區當年開發時，就曾挖掘出大量史前文物，包括大坌坑、牛稠子、蔦松、西拉雅、明清漢人等6種文化層遺物，當時廠商也全力配合，甚至為考古遺址變更廠房位置；因此奇美醫院在選址階段，就找來考古團隊事先鑽探、評估，並未發現具體文化資產，施工時也持續監看，不料仍有遺跡出土。
台南市文資處表示，醫院基地鄰近石頭埔疑似遺址，南科園區過去開發期間即曾進行考古調查與發掘，出土大湖文化相關遺留與墓葬，奇美醫院在動工前也主動委託考古專業團隊進行施工監看，以降低開發對文化資產可能造成影響，未來是否產生追加成本及工班調度等細節，視現場狀況而定。
上月25日在地下室開挖過程中，發現史前文化遺留與灰坑出露，開發單位隨即停工，27日通報主管機關，文資處邀集專案小組，在4月14日上午進行現地會勘，評估出露史前文化層長達約3公尺，且有向未開挖區域延伸情形，具相當研究價值，考量雨季將至、現場擋土支撐條件等，專案小組決議採取緊急搶救發掘措施，兼顧文化資產保存與工程安全。
對於工程被迫喊卡，奇美醫院指出，後續將全力配合主管機關及專家學者專業建議，審慎處理相關事宜，以兼顧文化保存與公共利益；文資處也說明，完成緊急搶救發掘後即可恢復施工，整體工程仍可依原開發計畫推進，對南科醫療建設進度影響有限。
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