駐日代表李逸洋稍早表示，長崎市政府將台灣代表座位安排在使節團區域之外，刻意矮化台灣國格與國家地位，台灣因此決定降低出席層級，改由台北駐福岡經濟文化辦事處處長陳銘俊代表參加，並對長崎市政府的安排表達嚴正抗議與譴責，相關新聞登上日媒版面。
一名長崎縣網友留言表示，「身為長崎縣民，我心中充滿歉意」。
他指出，長崎市擁有中華街，與中國自古以來存在密切交流確實是事實，但長崎與台灣之間同樣有深厚連結。他並批評長崎未能給予台灣適當待遇，對此「感到非常失望」，並以長崎縣民的身分向台灣民眾致歉。
有網友評論，「看來長崎的親中勢力果然相當龐大。」該名網友認為，從部分政治人物與行政機關平時的言行中，就能隱約感受到這種傾向，而在受到高度矚目的大型官方典禮上出現這樣的安排，更讓人懷疑是否帶有政治或意識形態因素。
有日本網友指出，日本一方面將台灣視為友好夥伴，另一方面卻在如此重要的場合給予這樣的待遇，「實在很難不讓人懷疑，背後是不是有顧慮中國的因素」。
該名網友認為，台灣是對日本非常友好的「國家」，每當日本發生災害時，台灣總是一次又一次地在國際間率先表達救援與提供支援的意願。而且，就目前而言，台灣在某種程度上也無意間扮演著阻擋中國向日本擴張的「防波堤」角色。既然如此，日本理應給予台灣更多一些應有的尊重。
還有網友表示，既然典禮的目的在於悼念原爆罹難者並祈求和平，就不應因政治考量而改變對不同參與者的待遇，「正因為這是一個高舉和平理念的場合，出現這樣的處理方式，才更令人感到遺憾」。
長崎方面的安排與廣島形成差異，也成為日本輿論質疑的焦點。
有日本網友表示，台灣方面「感到不滿也無可厚非」，直言「既然廣島能夠做到，長崎卻做不到，台灣方面理所當然會提出抗議。」
該名網友指出，雖然廣島與長崎的和平紀念典禮主要由地方政府各自主辦，但涉及外交禮遇與國際關係時，日本中央政府仍有必要進行協調，建立具有一致性的處理原則，以免各地方政府標準不同，進而引發不必要的外交摩擦，「如果最後因為這件事破壞彼此之間的友好關係，那就真的是本末倒置了」。
不少日本民眾也再次提起台灣多年來在日本遭遇重大災害時提供的援助，包括東日本大震災、能登半島地震等災害發生後，台灣社會都曾向日本提供大量賑災捐款與援助。日前熊本發生地震後，台灣民間同樣發起募款。
有日本網友形容，一直以來，台灣都抱持著「日本有事就是台灣有事」的心情，真心關切日本。
他認為，考量日本與台灣長期累積的民間情誼，日本應更加重視對台關係，而不是因擔憂中國方面的反應，讓台灣在官方場合受到差別待遇。
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