動保團體指出，部分繁殖業者為了節省成本，利用台鐵行包車低廉運費大量托運活體動物。台灣愛兔協會表示，許多未離乳的小動物被混放在一起，沒有適當保護措施，運送途中還可能遭粗暴搬運與丟擲。有些動物在運輸途中死亡，其他同伴甚至仍與屍體擠在同一籠內。團體估計，每年透過行包車運送的活體動物數量高達70萬至100萬隻，除了涉及虐待動物，也可能衍生防疫與食品安全風險。
對此，農業部表示，現行《動物保護法》其實已對動物運送設有規範，要求運送過程必須注意飲水、食物、排泄、環境與安全，避免動物受到驚嚇、痛苦或傷害。像雞、鴨、鵝、豬、牛等公告動物種類，也必須依照「動物運送管理辦法」辦理，包括運送工具、空間密度及人員資格都有規定，相關運送人員還需接受講習並取得證書。
農業部強調，將與相關單位研議訂定更完整的「動物運送通則性指引」，未來也會加強教育宣導與地方查核，確保運送過程符合動物福利。農業部也表示，若查獲違反動保法，導致動物受傷或死亡，將依法開罰。動保團體則呼籲，交通運輸不該再把活體動物視為一般貨物處理，政府應盡速建立更嚴格的運送標準，避免類似情況持續發生。
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