和一般的大聯盟球員不同，山本由伸幾乎不做重量訓練，隊友維西亞（Alex Vesia）就曾：「當我在健身房做重訓時，山本伸卻在瑜珈墊上做瑜珈，還把自己的背反折成弓，我都看傻了！」
山本由伸這套獨門訓練方式，是由日籍訓練師矢田修設計，核心理念為「5B」，也就是呼吸（Breath）、棒（Bar）、碗（Bowl）、板（Board）、橋（Bridge）。
在這5個核心理念下，衍生出超過300種訓練動作，目的是學習到自然運動方式來增強自主神經系統的功能，不但能提升運動能力，也有助於舒緩疲勞和疼痛。
矢田修表示，運動員就是一顆樹，最重要的是樹幹，「我做的，就是幫山本建立強壯且有韌性的樹幹。」
矢田修也透露山本由伸可以連投兩天的秘訣，他說：「讓一塊肌肉100%出力很容易，但容易疲勞，但山本做的是，讓600塊不同的肌肉同時用10%的力量，相形之下省力很多。」
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