檢調此波偵辦立委高金素梅涉及的貪污等案，為何是由調查局國安站負責？調查局表示，目前全案正在偵辦中，且由北檢指揮偵辦，一切均以北檢為主。北檢則指出，案件經調查局國安站蒐證多時並掌握情資，經向法院聲請到搜索票後，即報請北檢指揮偵辦，因此指揮國安站執行搜索、約談等偵查行動。
對此，律師林智群認為，檢調前天大陣仗地兵分30路搜索、約談18人，可見應該是早有內部人員向調查局國安站檢舉，或國安站掌握情資蒐證許久，見時機成熟才聲請搜索票報請北檢指揮偵辦。至於有法界人士評論恐讓外界有整肅異己的印象，林智群認為案情尚未明朗，不便評論。
曾為台北地院法官的郭登富則持不同看法，他表示，根據北檢新聞稿及媒體報導內容，高金素梅涉及的主要為貪污等案，卻由負責國家安全高度的調查局國安站偵辦，而國安站主要在偵辦有關接受中資等進行違反《反滲透法》、《國安法》的相關案件，其維護國家法益本就高過一般案件，這樣的作法根本就是在大砲打小鳥，違反比例原則，應由調查處或調查站偵辦即可。
至於外界批評由國安站偵辦高金素梅涉嫌的貪污等案件，有名嘴認為疑似障眼法透過辦貪污案查是否有違法國安等情事，也有法界人士認為這樣的作法，恐會讓外界、民眾有整肅政治異己的感覺，對政府而言產生民主倒退的印象。對此，郭登富認為不無可能，但這並非法律問題，不便評論。
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