2004年3月19日爭取正副總統連任的陳水扁、呂秀蓮在台南市掃街時遭到槍擊,隔天投票後陳、呂以些微差距驚險獲勝,這起事件引發社會爭議,也產生嚴重對立,事發後10天李昌鈺親自率領美國鑑識專家來台,並使用雷射光束、煙霧等模擬彈道與槍擊熱區,依留存線索調查,並未推論案情方向。
根據《自由時報》報導,前總統陳水扁指出,李博士不辭辛勞,回台參與319槍擊案的刑事鑑定,確認阿扁的肚子是近距離的槍傷,不是自導自演的刀傷,而李昌鈺博士所以回台參與鑑定,是應新黨的要求,但專業鑑定結果仍未獲藍營接受,令人遺憾。
當時調查報告有國際鑑識權威李昌鈺背書,但提出證據也無法消弭台灣社會當時對立情形,國、新兩黨以「兩顆土豆與鮪魚肚」諷刺319事件,然而當時李昌鈺面對高度政治化的事件,仍願意跨海尋找真相,資深警界人士認為,這對推動查案重視證據影響深遠,檢警調等機關偵察時,應不受到政治立場左右,才是對李博士最崇高的致敬。
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