海保署與花蓮縣政府農業處接獲通報後隨即依海洋保育類野生動物救援組織網（Marine Animal Rescue Network，MARN）機制啟動跨單位合作處理。因鬚鯨屬為中央主管機關海洋委員會海洋保育署指定之採樣研究物種，經協調後，花蓮縣政府已同意將後續處置權移由海保署統籌辦理。海保署委託定置網業者協助以機具將鯨體拖帶上岸，並規劃於隔日由國立科學博物館、國立臺灣大學、國立成功大學、社團法人中華鯨豚協會專家團隊、財團法人黑潮海洋文教基金會團隊及志工群、遠雄海洋公園人員與相關工作人員進行初步解剖與採樣作業。後續採樣之骨骼標本預計製作後交由國立自然科學博物館(台中科博館)典藏展示，作為海洋教育與科學研究之用。
花蓮外海因具有深海峽谷地形及黑潮暖流流經，海洋生態資源豐富，是鯨豚常見活動海域。至於本次鯨隻死亡原因，可能涉及自然老化、疾病感染、寄生蟲、誤食海洋廢棄物、船舶撞擊、漁具纏繞或海況變化等多重因素，仍需透過後續解剖與檢驗分析才能確認。
海保署與花蓮縣政府農業處呼籲，民眾若於沿岸或海上發現鯨豚擱淺或異常情形，請立即撥打118通報海巡署，切勿自行推回海中，也應避免接觸或干擾，並依循「三要四不」原則協助保護鯨豚：要扶正、要保濕、要紀錄呼吸心跳；不要讓鯨豚風吹日曬、不要站在頭尾過近位置、不要推拖拉扯及不要喧嘩，共同守護台灣珍貴的海洋生態資源。
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