員工規模僅約20人的器捐中心，根據三立新聞網報導，近一年多已有超過10人離職、退休或異動，其中包括3名任職逾20年的資深員工。員工反映，人事聘任與業務決策缺乏充分討論，部分人員遭公開點名、考績評語與實際表現不符，甚至有霸凌案件已進入正式調查程序。李明哲坦言，不同組別的員工薪資待遇存在落差，職場氣氛讓許多新進人員短期內便選擇離去。
李明哲表示，他早在5月就已經請辭，請辭原因純屬個人因素與內部治理問題，與近期移植名醫陳堯俐赴中國仲介器官移植所引發的爭議無關。他說，擔任無給職董事長2年半來，一方面須兼顧雙和醫院院長等本職工作，另一方面持續嘗試介入改善器捐中心內部問題，即使他極力處理，仍無法改善現況，且在他2年半的任期內，器捐病主中心就有3名任職20年以上資深人員不堪工作環境而離職，他也無力挽留。
李明哲無奈表示，「我已經傷痕累累，我不是只有器捐中心的無給職工作而已，有自己的主要業務要做，實在沒辦法像『他們』一樣，爬法律條文、挖坑給我們跳，真的太辛苦了，這是我真正離職的原因，真的太辛苦了。」部分問題已非中心內部自身力量所能解決，主管機關必須有魄力地秉公處理。
李明哲強調，器捐中心核心業務包括器官分配協調、捐贈網絡監督及成效回報，目前相關承辦人員仍在崗位上，因此主要業務並未中斷。
根據中央社報導，衛福部長石崇良表示，已收到請辭書，但須經董事會審議，正式生效前李明哲仍為現任董事長，所謂「7月1日生效」之說並不成立。他也證實，衛福部今年已接獲數起霸凌申訴，多涉及主管階層，目前已責成董事會成立專案委員會處理，調查結果將進一步追蹤。石崇良強調，李明哲在器官捐贈與勸募領域專業且盡責，衛福部將努力慰留，並安排後續細談以深入了解中心內部實況。
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