鳳凰颱風及東北季風共伴效應為花蓮帶來大雨，花蓮縣馬太鞍溪萬榮鄉明利村遭洪水灌入淹水，村長林萬成不滿颱風前就多次向水利署通報河道堤防有破口，「破堤不補」未獲重視才釀災。
對此，經濟部強調，水利署及第九河川局在光復鄉布下重兵防守，以防再度水淹光復鄉，不料洪水往上游流竄並溢流到明利村，溢流的位置本來就沒有堤防，村長颱風前向水利署反映的是希望堤防「延伸」長度需求，當時水利署經評估後，考量該處地勢較高，淹水風險相對較低，但仍先以沙包短期加固，並且加強疏濬。
龔明鑫今在經濟部業務會報前受訪表示，先前馬太鞍溪堰塞湖溢流後，衝擊最大的是位於下游南岸的光復鄉，當時沖毀的堤防長達2860公尺，評估若再有颱風豪雨來襲，光復鄉風險可能較高，因此決定在南側建置臨時堤防，且10日颱風來襲前，趕工疏浚河道203萬立方公尺，遠超原定年底目標100萬立方公尺，因此光復村未在這次颱風中受災。
龔明鑫表示，因泥沙持續堆積導致河床墊高，加上洪水量太大一時無法渲洩，因而往上游流竄，而且從未設堤防的缺口溢流出來，沿著產業道路淹進明利村，「林元鵬10日中午就前往花蓮，直到13日凌晨把洪水堵起來為止，長達55小時的時間幾乎都在工作。」
龔明鑫受訪時一度哽咽表示，他打電話慰問林元鵬、詢問有沒有睡覺，林元鵬回答他說「有，雖然不多，但沒關係」，龔表示「我說，你趕快去睡一下，但他說不行，因為有新的堰塞湖，所以他還是不能睡。所以…還是要給他支持。」
針對此次水淹明利村，龔明鑫表示他感到很遺憾，但所幸沒有人員傷亡，經萬榮鄉長回報，共有19戶住、12處工寮受影響，其中8戶稍微嚴重，但整體損害程度還算輕微。
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