行政院發言人李慧芝表示，今年度總預算雖然通案刪減金額降低，但仍出現針對特定機關、項目不合理大幅刪減凍結的情形，尤其有7大非理性決議，恐衝擊政府正常運作。
一，獨立機關預算遭刪減，恐使人事與機關運作持續陷入癱瘓。李慧芝說，政院已在7月24日將國家通訊傳播委員會委員提名名單送請立法院審議，但NCC 8月至12月「基本行政工作維持」經費5782萬餘元遭全數刪除，人事、預算若持續遭杯葛與刪減，NCC恐無法依法正常執行職務，也讓外界質疑立法院是否透過預算等手段實質癱瘓獨立機關。
二，政府政策宣導經費遭大砍，民眾獲取正確資訊的權益恐受影響。李慧芝表示，行政院及各部會原編列政策宣導費用共13.79億元，卻遭大幅刪減6.84億元、刪減幅度近5成，其中行政院1678萬元及文化部4738萬元政策宣導預算遭全數刪除。
李慧芝說，當政府正常的資訊傳播能力遭到大幅限縮，恐讓錯假訊息趁隙而入，民眾將更難在第一時間取得正確、完整的政府資訊，文化部的文化推廣工作也將受到直接衝擊。
三，刪除新聞傳播處業務費，基層約用人員薪資受波及。李慧芝表示，行政院新聞傳播處5254萬元業務費遭全數刪除，除影響政策資訊傳播，也衝擊基層約用人員的薪資支出，將直接影響下半年人力運作與工作權益，讓已經實際提供服務的人員面臨薪資與工作安排的不確定性。
四，總統國務機要費遭刪凍，年度僅剩不到1/3卻形同全數無法動支。李慧芝表示，一年即將進入最後1/3，總統國務機要費卻遭刪減1000萬元、凍結2000萬元，等同實質無法執行任何預算，形同讓總統公共聯繫、軍事訪視等相關國務運作失去必要的機動資源。
五，行政院下鄉勘災的基本資源遭全數刪除。李慧芝表示，行政院「施政推展聯繫費」重要用途之一，就是支應行政院長因應天災、前往各地災區勘災及災後復原工作的行政支出，今年卻遭刪減553萬餘元，等同行政院下半年面對突發災情時，少一項重要的行政支援資源。
六，人權與轉型正義不能被遺忘，卻遭大幅刪減。李慧芝表示，人權與轉型正義是憲政民主國家衡量民主深化與社會進步的重要指標，轉型正義仍有許多工作尚待完成，但行政院人權及轉型正義處預算遭全數刪除、黨產會業務費遭刪減5成，國外旅費、特別費及獎補助費也遭全數刪除，國家人權及轉型正義的進程勢必受到嚴重影響。
七，預算刪減非單一項目問題，而是政府能否正常運作。李慧芝表示，政府可以被監督、政策可以被檢驗、預算可以被審查，但不應透過大規模、不合理刪減必要行政資源，讓憲政機關無法運作、讓基層人員權益受損、讓災害應變失去資源，更不能讓民眾取得正確資訊的權利受到影響。
至於行政院長卓榮泰薪資被凍結，李慧芝說，卓榮泰已數次表態「個人事小，國家事大」。
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