行政院日前公布外部委員調查結果，認定楊珍妮對行政院經貿辦前副總談判代表顏慧欣構成職場霸凌。行政院發言人李慧芝隨後證實，卓榮泰已約見楊珍妮，並決定自7月1日起停止其職務，未來台美經貿工作小組將由行政院副院長鄭麗君持續召集推動相關談判工作。
面對停職處分，楊珍妮再度發布聲明反擊。她表示，調查報告是建立在少數人士片面說法之上，尤其認定霸凌成立的兩項指控，從未向她提示相關證據，也未給予充分說明及答辯機會，質疑整個調查程序欠缺正當性。楊珍妮更直指，整起事件是「特定另有圖謀人士」持續向媒體放話、操作輿論所造成，藉由媒體聲量替她貼上「霸凌」標籤，讓她感到相當痛心。
她也提及已故同事顏慧欣，表示雙方自去年9月起至顏慧欣請長假期間仍互相鼓勵，直到顏慧欣過世後，外界所描述兩人關係突然惡化，與她所認知情況完全無法連結，因此希望未來能透過合法、合理程序，進一步釐清事件真相。
針對外界認定她與同事互動構成霸凌，楊珍妮強調，在工作會議中，若因時勢或客觀因素未採納部屬建議，或主持會議時為掌握時間、避免偏離議題而打斷發言，都是主管基於職務所需做出的必要管理行為，並未逾越合理範圍，更不能與歧視、侮辱等敵意行為相提並論。
她表示，或許有同事因意見未被採納而感到失落，但這並不能因此被定義為職場霸凌。此外，楊珍妮也質疑，近3個月來針對她的大量負面新聞，都來自同一特定消息來源，且該人士在政治與媒體圈擁有龐大影響力，企圖帶動輿論方向並影響調查結果。
她指出，包括外界質疑她推動《跨太平洋夥伴全面進步協定》（CPTPP）不力、缺乏規劃，甚至涉及排擠同仁、刻意下馬威等指控，調查報告都已認定查無具體事證，證明相關內容並不成立。
楊珍妮強調，對於持續散布相關不實訊息的人士，她不排除採取法律行動，以維護自身名譽、還原事實真相。最後，她也表示，尊重卓榮泰自7月1日起停止她職務的決定，並感謝這段期間一路支持她的長官、經貿辦同仁及各相關單位夥伴，對大家的協助與陪伴表達誠摯謝意。
