國民黨此次「鄭習會」訪中團一行共35人，儘管計畫書宣稱是為「推展台灣自由民主理念至中國」，但480萬元的公帑預算中，機票費用就佔了305萬，其餘155萬則編列為住宿膳食、零用金及20萬元的禮品雜支費。對此，知情人士狠酸國民黨「是有這麼缺錢嗎？」，將團費直接沖銷政黨補助款的做法「實在太難看」。總統府發言人郭雅慧也公開質疑，國民黨此行究竟與共產黨談了什麼民主。
針對這筆由全民買單的爭議款項，張亞中表示，民主基金會的資源應專款專用，現行機制因標準模糊，已淪為政黨對外交流的提款機。他指出，補助活動若與宗旨不符應依法追回，為此提出三項改革建議：第一、應將「維護和平」納入基金會核心目標；第二、建立透明的獨立審查機制；第三、完善違規追償與責任機制。張亞中強調，民主的鞏固繫於制度健全，而非個別行為者的自律。
為了讓這場爭議理性落幕，張亞中代表孫文學校提出「等額捐助聲明」，願意支付這筆480萬元的差旅費。他認為鄭麗文此次訪問對兩岸交流有正面意義，但若因經費來源引發政爭，不如由民間力量率先承擔公共責任。張亞中此舉旨在呼籲社會正視制度缺陷，共同推動民主基金會的全面檢討，讓公共資源真正回歸初衷，而非成為政黨運作的工具。
台灣民主基金會則透過新聞稿解釋，民主基金會依成立宗旨，鼓勵國內各政黨推展有關民主與人權的活動，及推動台灣與國際非政府組織在民主與人權的相關合作事項，以提升台灣民主素質及國際地位形象，特訂定政黨補助計畫作業要點，以受理政黨補助申請。補助類型包括各政黨從事國會外交及國內外民主人權交流、提升台灣民主人權發展與國際接軌、以及提升台灣國際地位及能見度等相關活動。
台灣民主基金會指出，國民黨提出的「中國國民黨赴中國大陸交流訪問團」計畫書中說明，國民黨扮演兩岸間穩定之交流平台與橋樑，透過實地參訪及出席彼岸舉辦之活動，在對等互惠互利的基礎上，為台商台胞創造有利條件與環境。計畫書中亦提及，要讓在中國的民眾及在陸台商了解台灣民主發展現況，並將推展台灣之民主自由理念至中國大陸，推動兩岸關係和平發展、維護台海穩定與繁榮。
