蕭旭岑日前接受廣播節目《POP撞新聞》主持人黃暐瀚專訪表示，整件事情最讓他難過的是馬前總統事前從未詢問過他，事後又拒絕他求見。他直言，自己很希望可以當面跟馬前總統解釋說明，但事發至今試過各種方法，全都沒用。針對指控，蕭旭岑強硬回擊，過去多次帶「大九學堂」去對岸參訪，從未找過台商募款，這點隨行的文化大學教授莊伯仲可以證明。他強調，自己當幕僚的鐵律就是公家的錢一分不碰，他從未A錢或拿回扣。
「清白是我的生命，我也有家人，不能忍受這樣的指控。」蕭旭岑語氣沉重地表示，他希望基金會三人調查小組儘快找他詢問，他一定配合。他強調若調查結果認為他確實違法，要移送司法他絕無二話；但如果調查結果不是這樣，他希望馬英九前總統與基金會能還他清白。蕭旭岑重申，他可以忍很多事情，但清白是一個人的生命，他絕不能認同目前的指控。
針對蕭旭岑的受訪內容，馬英九基金會表示，董事長馬英九在4月13日就已公開說明，調查的原則是秉持「毋枉毋縱，公正公平」的精神。基金會指出，如果當事人沒有犯錯，就應該還他們清白；但如果當事人有錯，就應該把事情徹底調查清楚。這番回應展現了馬辦對於財政紀律案秉公處理、不設前提的調查立場。
除了澄清財務爭議外，蕭旭岑在專訪中也談及隨鄭麗文訪陸的觀察。他提到，習近平在「鄭習會」媒體退出後曾提到，「大陸尊重台灣人選擇的社會制度與生活方式，也希望台灣尊重大陸目前的發展」。蕭旭岑解讀，這顯示兩岸仍有和平空間，並非馬上要攤牌，他呼籲賴清德總統應向陳水扁看齊。
他指出，當年連戰訪問大陸時，前總統陳水扁不僅給予祝福，事後對於國民黨談回來的「包機直航」也展現空間、予以同意並落實。蕭旭岑強調，攸關民眾利益的事情不要過於堅持政治立場，希望執政黨能接受在野黨爭取的交流成果。
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