據《中央社》報導，柯文哲有多件案件仍在偵辦中。柯文哲的妻子陳佩琪曾密集透過ATM存款數十次，並在第一銀行保險箱中存放百萬元現金。北檢懷疑，柯文哲巨額資金來源交代不清，其財產增加與其公務員時期收入顯不相當，已另案調查柯文哲涉嫌貪污治罪條例公務人員財產來源不明罪。
柯文哲在北市長任內，通過北投士林科技園區T16、T17、T18設定地上權案，台北市議會調查，北市府招標條件一再放寬，T17、T18免投資計畫書涉有行政缺失。另有民眾告發北士科案涉弊，北檢分案偵辦北士科案，案由為貪污治罪條例，柯文哲列為被告。
北市議員質疑，柯市府對第一果菜及魚類批發市場改建工程疑「減項發包、追加預算」，強迫繼任的蔣市府買單，涉嫌圖利中華工程公司50億元；柯文哲也在台智光案、南港轉運站BOT案被控圖利。
另外，台北市副市長前彭振聲疑有財產來源不明、民眾黨成員陳智菡、許甫、黃瀞瑩、吳怡萱、陳宥丞，以折扣碼方式自木可公司取得募款小物的分潤，是否涉及刑事不法，目前仍由檢察官偵辦中。
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