世界棒球經典賽（WBC）C組預賽在日本東京登場，台灣隊7日以14比0扣倒捷克。卓榮泰親赴東京巨蛋現場看球被捕捉到身影，有球迷高喊「院長好」、「Team Taiwan」，卓榮泰也在看台上與現場球迷一起為台灣隊應援。
卓榮泰現身東京巨蛋消息傳出後，引發外界關注，但國民黨也提出質疑，卓榮泰搭華航往返日本是否由納稅人買單。對此，卓榮泰8日接受媒體聯訪表示，「昨天是休假日，前往日本東京是自費且屬私人活動，唯一安排就是與國人一起為Team Taiwan加油，沒有其他任何目的，也沒有其他行程。」
不過，海洋委員會主委管碧玲卻在臉書發文表示，以國家的處境而言，行政院長以「為球隊加油打氣」為由，由運動部長陪同現身東京巨蛋球場，「此行也一定有會見日本政要，這是外交關係上的重大突破！本質當然是公務行程！」
管碧玲指出，消息曝光後，第一時間，為顧及日本政府面對的中日關係，基於善意，低調的說明是「私人行程，當天來回」，這很容易懂，就是對日本的善意，也是外交處境下的「官方說法」。
她提到，自己參與的外交工作，也是一樣，台灣的外交凡涉及對方是民意機關者，比較沒有顧慮；但如果涉及對方是行政部門者，我方往往就是「行動直接，言語迂迴」，有時甚至必須公開否認。明眼人都知道，這是受中國的壓迫使然，卓院長看球賽，本質是外交突破，口頭必須說是私人行程，這並不難懂，院長自費前往日本其實是對台灣複雜政局的體察，是院長的承擔！
回顧歷史背景，自1972年台日斷交後，日本政府礙於中方壓力，長期對台灣「現職」正副總統、行政院長赴日設有極高門檻。過去54年間，我國高層赴日多以「卸任」或「過境」名義進行，即便是2022年賴清德赴日悼念安倍晉三，也僅限於特殊家祭性質。然而，此次卓榮泰以現任行政院長身分入境日本觀看球賽，日本政府核發簽證且並未阻攔，因此引發關注。
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