台南市不僅是總統賴清德的本命區，也是本次民進黨初選中內部競爭最為激烈的縣市。陳亭妃與林俊憲皆深耕台南政壇長達27年，基層實力與政治資歷不相上下。林俊憲在2024年立委選舉中，因國民黨對手王家貞仍在緩刑期間遭中選會取消資格，僅剩台灣雙語無法黨推薦的蕭燐洪競逐，最終以76.54%的得票率當選，創下全國區域立委最高得票率；陳亭妃則以陸戰見長，長期穿梭地方活動，前兩次立委選舉皆拿下全市最高票，得票率同樣突破七成，兩人各自展現不同型態的選戰實力。
相較林俊憲被視為賴清德嫡系大將，陳亭妃對此次台南市長選舉的布局顯得更為深層。其政治能量可從2024年民進黨全代會中窺見端倪。當時陳亭妃自正國會體系分裂而出，在617名全國黨代表投票中，以最高票當選中執委，並連動正國會的卓冠廷以1票之差落選；隨後在10席中常委選舉中，又透過精準配票與籤運優勢，擠下新潮流系統的林宜瑾，成功當選中常委，使其得以每週在中常會直接向黨主席賴清德表達立場，展現其黨內操作與政治實力。
初選前期，林俊憲將戰火指向2018年台南市正副議長選舉，指控當年陳亭妃胞妹陳怡珍與周麗津、吳通龍、郭信良等人跑票，導致民進黨痛失正、副議長席次。林俊憲強調，地方議員至今仍對該次「叛黨跑票」事件深感不滿，並進一步指控陳亭妃藉由國民黨力量打擊黨內對手，稱國民黨立委謝龍介陣營議員私下支持陳亭妃，呼籲國民黨勿介入民進黨台南市長初選。
對此，陳亭妃強勢反擊，強調自己與謝龍介交手五次、五戰全勝，「我跟謝龍介怎麼可能會好」。針對議長跑票爭議，她則回應，自己身分為立委，「議會的事情跟立法院有什麼關係？」並指出台南市民關心的，是候選人對市政的規劃與未來願景，而非翻舊帳的政治攻防。陳亭妃也反批林俊憲「一直搬石頭讓總統擔」，將與市政無關的議會糾葛加諸在賴清德身上，直言「總統是公共財，期待的是最強候選人，而不是方向完全錯誤的候選人」。
在政見方面，陳亭妃提出「科技三軸」、「四季農漁業」、「五大觀光軸」、「福利六都齊」、「交通七彩行」等政策主軸，從產業、就業、觀光到交通，全面串聯溪北、溪南與沿海山區，強化整體城市競爭力。她也特別著墨教育、體育與公共安全，強調不能讓孩子輸在起跑點，須打造具國際競爭力的教育環境；體育政策則主張建立完整制度，讓選手的付出不只停留在頒獎台上，包含分級訓練、營養補助與長期保障。
在警消與防災議題上，陳亭妃指出，自己擔任義消顧問已28年，深知第一線人員的辛勞。面對極端氣候成為常態，政府不能只靠運氣，而應落實預防、常態演練與完整SOP，「寧可準備而不用，也不能臨時慌亂」。她最後強調「行動政府」理念，市長在哪裡，政府就該在哪裡，走進現場、解決問題、把預算用在最需要的地方，這不是口號，而是她27年從政以來的日常。
林俊憲則在政見會上主打「回到市民本身」，認為台南下一階段市政應全面強化社會福利與都市基礎建設，讓經濟成長真正轉化為生活品質提升。他提出多項高齡化政策，包括老人免繳健保費、重陽敬老禮金加倍至2,000元、每月500元敬老交通補助，以及全國首創為長者免費施打帶狀皰疹疫苗，強調「照顧老人，就是減輕年輕世代負擔」。
在產業與交通建設方面，林俊憲提出「科技金三角」藍圖，串聯南科、柳營科技園區與沙崙綠能科學城，推動柳營機器人產業園區與AI產業聚落，並協助爭取三座跨越曾文溪的大橋，促進溪北與南科周邊均衡發展；觀光方面，則主打國際化布局，已協助台南機場恢復熊本、沖繩航線，並持續爭取東南亞航線，提升台南的國際能見度。
在政治支持面向，林俊憲指出，目前已有25位市議員、3位立委表態支持，台南市長黃偉哲及前市長陳唐山也公開相挺；陳亭妃則獲前總統陳水扁、立委王世堅支持，且先前多份民調顯示，陳亭妃不論在黨內互比，或對戰國民黨謝龍介時，皆維持領先。整體而言，台南市長初選勝負仍難預料，關鍵恐將回歸雙方的組織動員能力，以及核心支持者接聽民調的紀律。
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