三中案緣於馬英九於2005年間擔任國民黨主席時，時任前中投董事長張哲琛與總經理汪海清被控在三中（中視、中影、中廣）交易及舊黨部大樓案中，被控以低價及非常規交易等手法出脫爭議黨產，導致國民黨損失高達72億餘元，隔年，立委游錫堃、柯建銘認為國民黨賤賣黨產，於是向高檢署查黑中心告發馬英九等人。
2007年間，特偵組接手偵辦，直到2014年，特偵組以查無不法簽結，3年後，北檢2017年重啟偵辦，1年後，北檢於2018年7月間，認定馬英九等人在國民黨處理三中案時，涉犯《證交法》非常規交易、特別背信、《刑法》背信等罪嫌依法起訴，北檢列出馬英九等人的犯罪事實，包括「2005年華夏公司股權交易」、「2006年出售中視股權」、「2006年出售舊中央黨部大樓及中影股權交易」、「2006年中廣股權交易」、以及「蔡正元背信、侵占部分」，讓國民黨損失72.9億元。
北檢當時起訴馬英九、張哲琛、汪海清，前立委蔡正元、蔡正元妻子洪凌霙、蔡正元岳父洪信行等6人，還公布馬英九、張哲琛、汪海清3人設計的「天龍八部」財務操作手稿，並稱馬英九等人「機關用盡，力謀脫罪」，建請法院從重量刑。
台北地院一審審理後，合議庭認定證據不足，且馬英九並非是《證交法》規範身分，2021年10月27日判決馬英九無罪，另張哲琛、汪海清也都獲判無罪。但中影前董事長蔡正元被認定侵占中影股款2億8千餘萬元，被依業務侵占罪判刑3年6月，並沒收犯罪所得，成為唯一有罪被告，二審判刑定讞後，今年初已發監執行。至於馬、張、汪二審均獲判無罪。另蔡正元的妻子洪菱霙雖獲判無罪，但需沒收因蔡正元而取得的不法所得4113萬元，洪女父親洪信行也獲判無罪。
高檢署上訴三審後，最高法院認二審判決無誤，今駁回檢方上訴，馬英九等5人全數獲判無罪確定。
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