檢方起訴指出，林宜瑾從擔任第16屆台南縣議員開始，歷經縣市合併後的第一屆到第三屆市議員，以及轉戰立法院後的第10屆、11屆立委任期期間，涉嫌以人頭助理方式，將非公費助理申報為公費助理及申報薪資，又將公費助理薪資低薪高報等詐領助理費，做為服務處及個人支出所用，不法所得高達1412萬7388元；另外掛名助理部分則構成偽造文書罪嫌。
林宜瑾在偵查期間坦承犯行，並分兩次繳回500萬及912萬7388元等15年內所有犯罪所得，得減輕其刑，檢方偵結後將林宜瑾及黃姓服務處主任依「利用職務上機會詐取財物」、「使公務員登載不實罪」提起公訴，另名黃姓女助理則因偽證罪起訴，審結後判處6月徒刑、緩刑2年。
面對檢方起訴罪名，林宜瑾均認罪，開庭審理時，她稱服務處開銷大，光是薪水無法支應開銷，因錯誤認知才將助理費等經費用在其他開銷，林宜瑾對外也強調，願意承擔錯誤，期待制度面上能有所調整，避免相同事件一再發生，未來會謙卑面對司法、社會，彌補所造成的遺憾。
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