高為元去年3月19日經清大校內教授、副教授過半數投票通過續任，第二任期自今年5月1日起至2030年4月30日。不過他續任後不久即赴美參與校長遴選，相關消息曝光後引發爭議。
當時清大曾發聲明表示，高為元參與國外大學校長遴選屬「個人決定」，並未影響校務推動及重大計畫進度。如今高為元首度說明，據《自由》報導，他透過校長室電子郵件表示，對於事件「給大家帶來困擾與不安，我深感抱歉」。他坦言，高教界與業界互相延攬人才並不罕見，但「國外大學延攬台灣現任大學校長是很罕見的現象」，因此當時確實引起他的好奇，決定把握這次機會赴美參與遴選。高為元也坦言，這次經驗讓他重新思考東西方職場文化的差異，直言「這是我對東西方職場文化差異的理解不足」。
事件也引發外界對大學校長遴選、續任制度的檢討。立法院教育及文化委員會日前審查《大學法》修正草案，多名立委要求檢視現行校長遴選及續任機制，甚至建議校長簽署誠信承諾書、揭露對外求職等資訊。
教育部長鄭英耀也表示，現行規範確實仍有不足，教育部將從校務治理、誠信及校長對師生承諾等面向檢討，並研議提高相關資訊透明度。面對外界質疑，高為元最後強調，自己珍惜與清華的緣分，希望獲得支持，未來將與師生一起努力，「再造清華高峰」。
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