阮仲洲畢業於台北醫學院醫學系,後赴日本深造,取得東邦醫科大學醫學博士學位,專長為消化外科。返台後曾任省立高雄醫院外科醫師、高雄地方法院及國防部南區法醫師,並擔任高雄醫學大學法醫學副教授,兼具臨床、教學與法醫專業,在南台灣醫界享有盛名。
阮綜合醫院前身為1946年由阮朝英創立的「阮內兒科診所」,1979年正式更名為阮綜合醫院,歷經多年發展,病床數已擴增至700餘床,成為高雄歷史悠久的區域教學醫院之一。
2006年,阮仲洲二哥阮仲垠因心肌梗塞辭世後,他接任院長,之後因醫院經營權及股權問題,與四弟阮仲炯爆發家族經營權之爭,相關紛爭一度延燒至第三代,也曾引發外界關注。
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