台灣動物用藥資源不足，臨床上常由獸醫改以曾通過動物實驗的人用藥物進行治療；然而依現行藥事法規，藥商不得將藥品販售給未具許可證的機構，動保法則在缺藥情況下放寬獸醫得以人用藥救治動物。政府因此提出「人用藥品用於犬貓及非經濟動物之使用管理辦法」，原訂7月上路，但已引發飼主在社群平台反彈。獸醫界也質疑，新制增加執業限制，一般藥品應可由獸醫調劑，不應再透過藥局轉手。
有民眾在社群披露大樹藥局搶先布局寵物藥品市場。截圖顯示，大樹寵物不僅宣稱擁有「全台首間獸醫師駐店」，更自稱為「唯一獲得動藥販售許可證」的寵物店。此舉引發長期面臨藥品短缺、並憂心處方權遭削弱的獸醫界強烈反彈，質疑大樹藥局與藥師公會在背後推動修法，企圖將動物用藥市場「一條龍」整合。
針對「寵物用藥」爭議與抵制聲浪，大樹藥局於11日發表正式聲明如下：
「近日網路上有部分言論，將本公司與『動物用藥新制』法規推動過程不當連結，致生誤解。對此，大樹藥局謹以誠懇、理性的態度說明如下：
一、關於『動物用藥新制』，早於2015年《動物保護法》修法後，並歷經2018年及2023年草案預告，至2024年2月26日發布管理辦法，原訂2026年7月1日施行。此一新制為歷經多年討論的公共政策進程，並非由大樹藥局推動、主導或提案。
二、本公司一向尊重獸醫師專業，並認為寵物之診斷、治療應以獸醫醫療專業為核心。大樹藥局所期待扮演的角色，是配合公共政策，作為寵物健康照護的支持者，成為獸醫院、診所與飼主之間的好鄰居、好幫手。
三、大樹藥局長期投入家庭健康照護服務，也持續關注寵物健康與照護需求。未來亦期待與獸醫醫療體系及社會各界共同努力，提供更周全、更安心的照護支持，一起為寵物營造更友善的健康照護環境。」
然而，該聲明發布後未能平息網路輿論。許多飼主在社群留言表達不滿：「不用那麼委屈賺動物飼主的錢」、「出事了才說跟你沒關係」、「怎麼那麼剛好推這個法你們就開始搞寵物藥局和寵物店」。
網友質疑，大樹藥局先前喊出擴張全台400多家門市、挑戰千店規模的計畫，與立委林憶君督促法規上路的時間點高度重合。巴毛律師也批評，明明已經是規模不小的連鎖藥局，還要貪寵物用藥這塊，吃相真的難看。甚至有民眾發起留一星負評行動，揚言抵制大樹旗下相關通路。
觀察整起事件，反映出當《藥事法》的藥品管理邏輯與《動保法》的醫療實務需求在整合過程中出現斷層時，寵物醫療權益是否受到衝擊的深層憂慮。儘管農業部迫於壓力已決議暫緩新制推動，但大樹藥局在拓展大規模商業版圖之際，如何修補與獸醫界及飼主之間的信任裂痕，仍有待觀察。
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