交通部鐵道局每年都會對雙鐵進行定期與不定期檢查，最新統計2022年至2025年間，總共開罰台鐵15件違規、合計870萬元，但案件數已逐漸收斂。
鐵道局指出，開罰台鐵案件包含2022年至2023年間派任無駕照者駕駛維修工程車，以及體格檢查不合格者、未經技能檢定者擔任行車人員等，裁罰120萬元，是目前為止開罰金額最高案例。
其他開罰案事由尚有未執行勤前酒測，以及派任未完成訓練者於見習期間單獨操作月台相關行車設備等，均分別開罰60萬元。此外，台鐵今年還有3件裁罰案件正在程序中，包含2件運轉發生冒進號誌、1件派任體格檢查不合格者執勤。
同時，鐵道局近年也有針對高鐵開罰3案件，分別為2021年未經交通部核准聘僱外籍員工2次、各開罰30萬元，以及2024年未對車務部列車長實施勤前酒精濃度檢測開罰60萬元。
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