有媒體質疑，疾管署2023年編列的一般預算845億元，比起2022年編列187億元，預算暴增4.5倍，指揮中心發言人莊人祥澄清，過去幾年防疫經費主要來源為8400億的「中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算」，而特別預算將於今年底用罄，相關防疫需求必須回歸編列一般公務預算來支應。
莊人祥表示，預估明年仍有新冠疫情，因此，2023年度防疫算將用於採購抗病毒藥物、倉儲管理及物流、COVID-19疫苗採購及關接種作業、離治療費用、檢驗診斷(PCR)、家離補償及負壓隔離病房醫護人員津貼等，共計編列一般預算845億元。
莊人祥指出，2022年特別預算756億元加上一般預算187億元，總共943億元，明年845億元，反而比今年減少了98億元，而無論是特別預算或一般公務預算，均經過立院審議與監督，並無防疫預算暴增情事。
另針對指揮中心2年多來防疫政策宣導費，莊人祥說，2年8個月來共花費7.9億元，其中1922專線花費6億5000萬元；記者會直播、字幕、手語老師等共3956萬；防疫大作戰與翻譯語言版本共3000萬元；每位疫苗接種者都收到宣傳單張與接種須知、意願書、小黃卡等，費用6719萬；廣告費則有195萬元，系統建置170萬，「沒有亂花錢到其他媒體的部分」。
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