《跳躍吧！時空少女》是日本小說家筒井康隆的名作，也是首度被製成動畫電影，由日本電影學院最佳劇本得主奥寺佐渡子執筆，「當代第一畫師」貞本義行負責角色設計，《魔法公主》山本二三擔任美術導演。劇情描述仲里依紗配音的高二生「紺野真琴」獲得穿越時空的能力，她利用那個能力，讓自己獲得許多好處，卻沒有意識到這個舉動不只會影響自己的生活，也同樣會對他人的生活造成影響。
談起配音選角，細田守表示：「在之前的《跳躍吧！時空少女》作品中，女主角都是文靜、優秀的美少女形象，但這次的女主角『真琴』一點也不文靜，成績也沒那麼好，而且很積極、充滿活力！」透露：「其實這次會決定請仲里依紗演員擔綱『真琴』一角的關鍵原因，是因為她在甄選中突然唸錯了劇本中的漢字讀音！」
細田守還到多所高中搜集資料，「我會去和放學後留在學校讀書或進行社團活動的孩子們搭話，看看現在的高中生大概是什麼樣子，和自己有什麼不同，或是和我讀高中時是否有相似之處」。 就在他苦惱主角外型時，「看到了一位國分寺高中的女生穿著Polo衫，在樓梯轉角處和她擦身而過。那女生非常可愛，讓我覺得Polo衫真的很有魅力，後來就把它設定為『真琴』的制服」。
製作人齋藤優一郎透露2004年2月決定要製作動畫電影版《跳躍吧！時空少女》，丸山正雄提議讓細田守導演執導。齋藤優一郎表示：「就像在我國高中時，讓我想闖入這動畫世界的契機是高畑勳導演和宮崎駿導演的作品一樣，這次竟然能製作大人小孩都能樂在其中的動畫電影，當然不能錯過這個機會！」該片2006年在日本上映時，只在6家戲院放映，後來口碑發酵，締造上映長達8個月的驚人紀錄。
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